Wenn du die Auspuffanlage verspannt einbaust ist das nicht sehr gut in jeder Hinsicht.
So universal Flexrohre ist an der Stelle eh kritisch wegen Platz.
Ich würde dort immer auch ein komplettes neues Hosenrohr setzen.

Verbaut wurde ein neues Hosenrohr, jedoch kein originales sondern aus dem Zubehör, vor Jahren und bis zur Anhebung des Endtopfes durch neue Gummis auch ohne Probleme. Nun jedoch macht sich scheinbar der größere Durchmesser des Flexteils negativ bemerkbar.

Und deswegen soll der Motor unruhig laufen? Wo er generell mit den Komponenten schon Jahre läuft? Sind eventuell nur die Gummis vom Auspuff hin das sich das eventuelle Problem sich da verstärkt?

Die Hoffnung, dass die Vibrationen in der Karosse daher rühren, dass sich diese über einen permanenten Kontakt des Flexrohres mit dem Unterboden übertragen, haben sich zumindest teilweise zerschlagen. Zudem, der rauhe und vibrierende Lauf des Motors selbst ist für sich genommen bereits nicht normal, unabhängig davon, warum sich das überträgt.

Werde daher bei Gelegenheit nochmal bei müssen und auf Verdacht paar Sensoren tauschen und Kompression messen. Auch fehlende Ausgleichsmassen wäre ein Prüfpunkt.

Bin nur gerade des Prüfens müde wegen anderer Baustellen, die auf mir lasten.

Fehlende Ausgleichsmassen würde ich nicht vermuten - soweit ich weiß sind in der Kurbelwelle keine gesonderten Gewichte verbaut.

Das hatte ich mal bei meinem daily driver. Insbesondere im kalten Zustand hat das ganze Auto gewackelt, aber nicht immer. Wenn ich Gas gegeben habe war das Problem weg. Das Problem trat in meinem Fall nicht dauerhaft, sondern eher sporadisch auf. Als die Einspritzdüse gewechselt wurde, verschwand das Problem. Allerdings habe ich die Zündaussetzer auch deutlich bemerkt (die Drehzahl schwankte im Leerlauf und man hörte es).

Ich habe damals die Werbe-induzierte Lösung versucht: Aral Ultimate und zwei Dosen Injektor-Reiniger. Das hat das Problem zwar nicht dauerhaft gelöst, aber es wurde zeitweise besser und ich wusste zumindest in welche Richtung die Ursache geht

Die Riemenscheibe hat ein dämpfenden Element (auf der Innenseite). Wenn das beschädigt oder in Verlust ist, könnte ich mir Vibrationen vorstellen.

https://rimmerbros.com/Item--i-LHG000010

Kompression habe ich inzwischen mit meinem Baumarkt Tester gemessen...

13,5
14
13
14

Das waren jeweils die besten Werte je Zylinder aus mehreren Messungen (bei kaltem Motor, alle Kerzen draußen, Vollgasstellung am Pedal, je ca. 5 Sek. "georgelt"). Sieht für mich eher unauffällig aus, wobei ich nicht viel Vertrauen in den Tester habe, da Ergebnisse der einzelnen Durchläufe teils deutlich unterschiedlich (nach unten abweichend) waren.

Zündkerzen sahen eher unverdächtig aus (scheinbar etwas zu heiße Verbrennung -Elektroden heller als rehbraun- und Rand der Kerzen schwarz vermutlich aufgrund mitverbranntem Motoröl).

Die Vibrationen sind bei kaltem Motor stärker, verringern sich dann beim Warmlauf, permanent rauher Motorlauf bleibt jedoch unverändert.

MKL zeigt keinen Fehler an. Meine nächste Überlegung geht nun Richtung verschlissener Nocken der NW und/oder defekter (Kühlmittel?)Sensor.

Einspritzdüse wie von Andreas beschrieben wäre auch denkbar.